Йо, колеги ентусиасти на науката! Занимавам се да разговарям с вас за оптимизиране на ДНК полимеразата за секвениране на ДНК на висока пропускателна способност. Като доставчик на ДНК полимераза, видях от първа ръка колко е от решаващо значение да има отгоре - Notch полимераза за тази технология за рязане - ръба.
Високата - проножието на ДНК секвенирането революционизира геномиката. Тя ни позволява да се последовам големи количества ДНК за кратко време, което е супер важно за неща като персонализирана медицина, разбиране на генетични заболявания и дори еволюционни изследвания. Но за да работи това много добре, се нуждаем от оптимизирана ДНК полимераза.
Нека започнем с това, което всъщност прави ДНК полимеразата. Това е ензим, който синтезира нови нишки на ДНК, като добавя нуклеотиди към растяща верига. При секвениране с висока пропускателна способност искаме да работи бързо, да бъде точен и да се справи с различни видове ДНК шаблони.
Скоростта има значение
Един от ключовите фактори при секвенция на висока пропускателна способност е скоростта. Колкото по -бързо е ДНК полимеразата, може да добави нуклеотиди, толкова по -бързо можем да направим секвенирането. За да оптимизираме скоростта, можем да разгледаме каталитичната скорост на ензима. Някои мутации могат да увеличат тази скорост. Например, модифицирането на активното място на полимеразата може да го свърже към нуклеотидите по -ефективно и да ги добави към нарастващата ДНК нишка по -бързо.
Също така открихме, че регулирането на реакционните условия може да увеличи скоростта. Използването на десния буфер с оптималните концентрации на рН и йони може да доведе до голяма разлика. Например, магнезиевите йони са основни фактори за активността на ДНК полимеразата. Чрез фина настройка на концентрацията на магнезий можем да подобрим скоростта на ензима.
Точността е ключова
Точността е също толкова важна, колкото скоростта. При секвениране една грешка може да доведе до неправилно тълкуване на генетичните данни. ДНК полимеразите имат коректорна активност, която помага за коригиране на грешките по време на синтеза на ДНК. За да оптимизираме точността, можем да подобрим тази функция за корекция. Някои от нашите полимерази, катоM - MLV H - 2.0, са проектирани да имат подобрени възможности за корекция. Това означава по -малко грешки и по -надеждни резултати от секвениране.
Друг начин за подобряване на точността е чрез намаляване на не -специфичното обвързване. Понякога полимеразата може да се свърже с грешния шаблон или да добави нуклеотиди на грешното място. Чрез промяна на структурата на полимеразата, за да я направим по -специфична за правилния ДНК шаблон, можем да сведем до минимум тези грешки.
Работа с различни шаблони
ДНК се предлага във всякакви форми и размери, а секвенирането с висока пропускателна способност често се занимава с различни шаблони. Някои шаблони могат да бъдат трудни за последователност, като тези с високо съдържание на GC или вторични структури. За да оптимизираме ДНК полимеразата за тези предизвикателни шаблони, можем да добавим протеини за аксесоари. Например,SC Reca 2.0може да помогне за размотаване на ДНК вторични структури, което улеснява полимеразата да има достъп до шаблона и да синтезира нова ДНК.
Можем също да модифицираме самата полимераза, за да бъдем по -толерантни към различни шаблони. Някои мутации могат да направят ензима по -добър при справяне с високо съдържание на GC или други трудни - за - последователни региони.
Стабилност и дълголетие
При секвениране с висока пропускателна способност полимеразата трябва да работи дълго време, без да губи своята активност. Можем да оптимизираме за стабилност, като модифицираме структурата на ензима, за да я направим по -устойчив на денатурация. Например, добавянето на дисулфидни връзки може да увеличи стабилността на протеина.
Друг аспект е рафтът на ензима - живот. Искаме нашите полимерази да останат активни за дълго време по време на съхранение. Чрез формулиране на десния буфер и условия за съхранение можем да гарантираме, че полимеразата остава стабилна и готова за използване, когато е необходимо.
Съвместимост с платформите за секвениране
Различните платформи за секвениране с висока пропускателна способност имат свои собствени изисквания. Например, някои платформи използват откриване на базата на флуоресценция, докато други използват Nanopore Technology. Трябва да оптимизираме ДНК полимеразата, за да бъдем съвместима с тези различни платформи.
За платформи, базирани на флуоресценция, полимеразата не трябва да пречи на флуоресцентните сигнали. Можем да проектираме полимеразата да има ниска фонова флуоресценция и да работим добре с багрилата, използвани при реакцията на секвениране.
При нанопорното секвениране полимеразата трябва да може да работи при специфичните електрически и химични условия на нанопора. Разбирайки тези изисквания, можем да модифицираме полимеразата, за да бъде по -подходяща за този тип секвениране.
Нашето продуктово портфолио
Като доставчик на ДНК полимераза, ние предлагаме гама от продукти, предназначени да задоволят нуждите на секвениране с висока пропускателна способност. НашитеM - MLV H - 2.0е чудесен за обратна транскрипция и има отлична точност. TheSC Reca 2.0Може да се използва като аксесоар протеин за подобряване на боравенето с шаблони. И нашитеЕкзонуклеаза III 2.0Може да се използва за различни стъпки за обработка на ДНК при секвениране на работните потоци.
Ако сте на пазара за висококачествени ДНК полимерази за вашите проекти с висока пропускателна способност, ще се радваме да говорим с вас. Независимо дали сте изследователска лаборатория, биотехнологична компания или фармацевтична фирма, можем да ви предоставим правилните продукти и поддръжка. Свържете се с нас, за да започнете разговор за вашите специфични нужди и как нашите ДНК полимерази могат да оптимизират вашите процеси на секвениране.
ЛИТЕРАТУРА
- Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., & Walter, P. (2002). Молекулярна биология на клетката. Garland Science.
- Brown, Ta (2002). Геноми. Wiley - Liss.
- Metzker, ML (2010). Технологии за секвениране - следващото поколение. Nature Reviews Genetics, 11 (1), 31 - 46.