Ей там! Като доставчик на изотермични комплекти за амплификация на РНК, често ме задава този въпрос: "Може ли комплектът за изотермично амплификация на РНК за количествен анализ на РНК?" Е, нека се потопим право в него и да го разградим.
Първо, какво е изотермично амплификация на РНК? За разлика от по -добре известната полимеразна верижна реакция (PCR), която се нуждае от множество температурни цикли, изотермичната амплификация на РНК се случва при постоянна температура. Това е доста изящна технология, която набира популярност през последните години.
Едно от основните предимства на използването на комплект за изотермификация на РНК е неговата простота. Не се нуждаете от фантастичен термоциклер с всички тези температурни - променящи се настройки. Това го прави по -достъпен, особено за тестване на точки или в ограничени настройки на ресурсите. Но големият въпрос остава: може ли да се използва за количествен анализ?
Нека започнем с разглеждането на основните принципи на количествения анализ на РНК. С две думи искаме да знаем точно колко от конкретна молекула на РНК присъства в проба. Това е от решаващо значение в много области, като вирусология за измерване на вирусното натоварване или в изследванията на генната експресия, за да се разбере как се регулират гените.
Традиционните методи за количествен анализ на РНК, като PCR в реално време (qPCR), са златния стандарт. QPCR използва флуоресцентни багрила или сонди, за да открие количеството на амплифицирана ДНК (която е обратна - транскрибирана от РНК) в реално време. Цикълът, при който флуоресценцията пресича определен праг (стойност на CT), след това се използва за изчисляване на първоначалното количество РНК в пробата.
Сега за комплекти за изотермични амплификации на РНК. Тези комплекти обикновено работят, като използват ензими, които могат да амплифицират РНК при постоянна температура. НапримерMira RNA изотермичен комплект за бързо амплификация BASIC - IIе един от нашите продукти, който използва тази технология. Той може бързо да усили целите на РНК, но можем ли да го използваме, за да ги определим количествено?
Отговорът е малко по -сложен от просто да или не. От една страна, има някои предизвикателства. За разлика от QPCR, който има добре установено метод за количествено определяне въз основа на стойността на КТ, изотермичната амплификация на РНК няма директен еквивалент. Кинетиката на амплификация в изотермичните системи може да бъде по -сложна и фактори като първоначалните реакционни условия, ензимната активност и наличието на субстрат могат да окажат по -голямо влияние върху скоростта на усилване.
Това обаче не означава, че е невъзможно. Някои изследователи измислиха творчески начини да направят изотермичното усилване на РНК за количествен анализ. Един от подхода е използването на вътрешни стандарти. Точно както в QPCR, можете да добавите известно количество контролна РНК молекула към вашата проба. Сравнявайки усилването на целевата РНК с това на контролната РНК, можете да получите оценка на количеството на целевата РНК.
Друг начин е използването на методи за откриване на базата на флуоресценция в комбинация с изотермично амплификация на РНК. Например, някои от нашите комплекти, катоMIRA РНК Изотермичен комплект за бързо амплификация Нуклеинова киселина Тестова лента, може да бъде модифициран, за да се включат флуоресцентни сонди. Чрез измерване на интензитета на флуоресценция във времето можете да следите процеса на усилване и потенциално да го използвате за количествено определяне.
Нека говорим и за предимствата на използването на нашите комплекти за изотермично усилване на РНК за количествен анализ в сравнение с традиционните методи. Както споменах по -рано, простотата и скоростта са огромни плюсове. С нашите комплекти можете да получите резултати в много по -кратко време в сравнение с QPCR, което обикновено отнема час или повече. Това е особено важно в ситуации, при които бързата диагноза е от решаващо значение, като по време на избухване на инфекциозни заболявания.
Освен това нашите комплекти са силно специфични. Те са проектирани да се насочват само към РНК последователностите, които намаляват, намалявайки шансовете за фалшиви положителни резултати. Тази специфичност е от съществено значение за точния количествен анализ, тъй като искате да сте сигурни, че измервате само РНК, от която се интересувате.
Сега, нека се докоснем до някои от практическите аспекти. Ако обмисляте да използвате нашите комплекти за изотермично усилване на РНК за количествен анализ, има няколко неща, които трябва да имате предвид. Първо, трябва да оптимизирате реакционните условия. Това включва неща като концентрацията на ензимите, праймерите и други реагенти. Оптимизираната реакция ще ви даде повече възпроизводими резултати, което е от ключово значение за точното количествено определяне.
Второ, трябва да потвърдите количествения си метод. Това означава да стартирате множество реплики на известни проби и сравняване на резултатите с референтен метод, като QPCR. Правейки това, можете да установите точността и прецизността на вашия количествен анализ, като използвате нашите комплекти за изотермично усилване на РНК.
Имаме и друг страхотен продукт,Mira ДНК изотермичен комплект за бързо усилване. Въпреки че това е за амплификация на ДНК, принципите на количествения анализ могат да бъдат сходни по някакъв начин. Може да се използва в комбинация с RNA анализ в някои случаи, например, когато искате да проучите връзката между нивата на ДНК и РНК в клетка.
В заключение, докато комплектите за изотермична амплификация на РНК се сблъскват с някои предизвикателства, когато става въпрос за количествен анализ на РНК, е възможно с правилния подход. Нашата компания се ангажира да предоставя комплекти с високо качество и да подкрепя нашите клиенти при проучване на потенциала на тези технологии за количествени приложения.
Ако се интересувате да научите повече за нашите комплекти за изотермично усилване на РНК или искате да обсъдите как те могат да бъдат използвани за вашите специфични нужди от количествен анализ, ще се радваме да чуем от вас. Просто се свържете с нас, за да започнем разговор за поръчките и как можем да работим заедно, за да постигнем вашите изследователски цели.
ЛИТЕРАТУРА
- Notomi, T., Okyama, H., Masubuchi, H., Yonekawa, T., Watanabe, K., Amino, N., & Hase, T. (2000). Цикъл - медиирана изотермична амплификация на ДНК. Изследване на нуклеинови киселини, 28 (12), E63 - E63.
- Gootenberg, JS, Abudayyeh, Oo, Lee, JW, Essletzbichler, P., Dy, A., Joung, J., ... & Zhang, F. (2018). Откриване на нуклеинова киселина с CRISPR - CAS13A/C2C2. Science, 360 (6387), 439 - 444.